Родился 26.08.1971 г. в г. Люберцы Московской области. Отец, Бабенко Виктор Михайлович, — автомеханик на станции техобслуживания автомобилей, неоднократный победитель соцсоревнований. Мать, Бабенко Татьяна Ивановна, — служащая на Люберецком заводе сельхозмашиностроения.
В детстве был подвижным и занимался спортом.
В 1986 г. закончил восемь классов общеобразовательной школы и поступил в ПТУ № 10 им. Гагарина по специальности автомеханик. После окончания училища в 1989 г. устроился на работу по специальности на Люберецкий вертолетный завод им. Камова. После трудился на других работах на заводах и фабриках.
Принял крещение в 1994 г. в возрасте 23 лет в Успенском храме села Жилино Люберецкого района. О вере слышал в детстве, еще в дошкольном возрасте, от одной из своих бабушек, сам пришел к вере постепенно, благодаря общению с разными людьми. После знакомства с пожилой прихожанкой Успенского храма с. Жилино принял святое крещение, стал ходить в храмы, узнал о таинствах, стал в них участвовать. В 1999 году обвенчался с Бабенко Марией Сергеевной в Успенском храме г. Москвы (Троице-Лыково). Священник из этого храма определил Сергия с супругой на послушание в церковный хор и через два года благословил на поступление в семинарию.
В 2001 г. поступил в Коломенскую духовную семинарию, в 2007 г. защитил диплом по теме «Учение о спасении в посланиях Апостола Павла».
16.03.2003 г. рукоположен в диакона в Тихвинском храме г. Коломны архиепископом Можайским Григорием. 02.03.2003 г. назначен в штат Успенского храма г. Красногорска.
20.04.2004 г. рукоположен во священника в Успенском храме Новодевичьего монастыря митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием.
19.02.2005 г. назначен настоятелем храма в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» в селе Ильинское Красногорского района МО.
30 июня 2020 года освобожден от должности настоятеля Скорбященского храма села Ильинское Красногорского района и назначен в штат Михаило-Архангельского храма села Архангельское Красногорского района Московской области.
Награды: благословенная грамота митрополита Ювеналия за усердные труды во славу Святой Церкви (2007 г.), набедренник, камилавка, наперсный крест, палица, наградной крест. Две грамоты от администрации сельского поселения Ильинское за помощь инвалидам (2011, 2013 гг.).
День тезоименитства — 8 октября.
Женат, имеет шестерых детей.